เช็ลลิงเกิดเมื่อวันที่ 27 มกราคม ค.ศ. 1775 ที่เลออนแบร์ค ในดัชชีเวือร์ทเทิมแบร์ค (ปัจจุบันคือรัฐบาเดิน-เวือร์ทเทิมแบร์ค) จักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ เป็นบุตรของนายโยเซ็ฟ ฟรีดริช เช็ลลิง (Joseph Friedrich Schelling) กับนางก็อทลีบีน มารี (Gottliebin Marie) เด็กชายเช็ลลิงเข้าเรียนที่โรงเรียนโบสถ์เบเบินเฮาเซิน ใกล้กับเมืองทือบิงเงิน ซึ่งบิดาของเขาเป็นอนุศาสนาจารย์และนักตะวันออกศึกษาที่โรงเรียนนั้น[5] ในปีค.ศ. 1783 เช็ลลิงเข้าเรียนที่โรงเรียนละตินในเนือร์ทิงเงิน (Nürtingen) และได้รู้จักกับฟรีดริช เฮิลเดอร์ลิง ซึ่งแก่กว่าห้าปี ต่อมาในปีค.ศ. 1790 เช็ลลิงในวันสิบห้าปีเข้าเรียนที่ศาสนวิชชาลัยทือบิงเงิน (Tübinger Stift) เร็วกว่าคนปกติถึงห้าปี[6] ที่ศาสนวิชชาลัย เช็ลลิงได้เป็นเพื่อนร่วมห้องกับเฮเกิลและเฮิลเดอร์ลิง จนทั้งสามสนิทสนมกัน[7]

เมื่อเช็ลลิงได้ศึกษาเรื่องปิตาจารย์แห่งคริสตจักรและปรัชญากรีกโบราณ ความสนใจทางด้านเทววิทยาก็ค่อยเบนไปหาวิชาปรัชญา เช็ลลิงจบการศึกษามหาบัณฑิตในปีค.ศ. 1792 และจบการศึกษาระดับดุษฎีบัณฑิตในปีค.ศ. 1795 ขณะเดียวกัน เขาก็เริ่มอ่านหนังสือของอิมมานูเอล คานต์ และโยฮัน ก็อทลีพ ฟิชเทอ ซึ่งมีอิทธิพลทางความคิดต่อเขาอย่างมาก[8] ต่อมาในปีค.ศ. 1797 เช็ลลิงไปเยือนเมืองไลพ์ซิชในฐานะอาจารย์พิเศษและผู้ปกครองเด็กสองคนที่ตระกูลขุนนางฝากฝัง เช็ลลิงถือโอกาสเข้าเป็นอาจารย์ที่มหาวิทยาลัยไลพ์ซิช เขาลุ่มหลงศาสตร์สมัยใหม่อย่างวิชาเคมีและชีววิทยา เขาได้ไปเยือนเมืองเดรสเดินในปีเดียวกัน และมีโอกาสได้พบกับสองพี่น้องชเลเกิล รวมทั้งโนวาลิส[9]